คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี เดิมชื่อ คณะวิทยาศาสตร์ ได้ก่อตั้งขึ้นตั้งแต่ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรี ใช้ชื่อ สถาบันเทคโนโลยีราชมงคล โดยได้จัดตั้งคณะวิทยาศาสตร์ขึ้นที่ศูนย์กลางสถาบันเทคโนโลยี ราชมงคลเมื่อวันที่ 21 มิถุนายน 2538 โดย รองศาสตราจารย์ ธรรมนูญ ฤทธิมณี อธิการบดีสถาบันเทคโนโลยีราชมงคลในขณะนั้น ซึ่งได้เห็นความสำคัญของการพัฒนาทางด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี อันเป็นฐานความรู้ในการศึกษาทุกสาขาวิชาชีพ และเป็นกำลังสำคัญในการพัฒนาประเทศทางด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีอีกทั้งในขณะนั้นประเทศกำลังขาดแคลนบุคลากรทางด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีอย่างมาก ดังนั้นการจัดตั้งคณะวิทยาศาสตร์ สถาบันเทคโนโลยีราชมงคล จึงสอดคล้องตามความจำเป็นเร่งด่วนของประเทศและเป็นไปตามนโยบายของรัฐบาลที่ต้องการผลิตบุคลากรด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ให้เพียงพอต่อการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมของประเทศ

ต่อมาในปี พ.ศ. 2549 ได้มีการเปลี่ยนแปลงระบบการจัดการศึกษา จากสถาบันเทคโนโลยีราชมงคลเป็นมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรี และได้มีการเปลี่ยนชื่อจาก คณะวิทยาศาสตร์ เป็น คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรี

คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร พระราชทานนามอาคารของคณะฯ ว่า “อาคารเฉลิมพระเกียรติ ๖ รอบ พระชนมพรรษา” และได้รับ พระมหากรุณาธิคุณ ให้อัญเชิญตราสัญลักษณ์งานเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตรเนื่องในโอกาสพระราชพิธีมหามงคล เฉลิมพระชนมพรรษา ๖ รอบ (5 ธันวาคม 2542) มาประดิษฐานประดับอาคารฯ นอกจากนี้คณะฯ ยังได้รับพระมหากรุณาธิคุณ จากพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ทรงโปรดเกล้าฯ พระราชทานพระบรมฉายาลักษณ์ทรงฉลองพระองค์เครื่องแบบเต็มยศ ทรงฉลองพระองค์ครุยมหาจักรีบรมราชวงศ์ มาประดิษฐาน ณ อาคารเฉลิมพระเกียรติ ๖ รอบ พระชนมพรรษา คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี เพื่อเป็นสิริมงคลแก่อาจารย์ นักศึกษา และบุคคลทั่วไป นับเป็นพระมหากรุณาธิคุณเป็นล้นพ้น อันหาที่สุดมิได้